サトシとピカチュウたちは旅の途中、なんでも取り出すことができるリングを持つ、幻のポケモン・フーパと出会う。無邪気なフーパと仲良くなったサトシたちは、一緒に旅をすることに。一方、砂漠の街デセルシティでは、かつて街を壊したポケモンが封印されているという”いましめのツボ”に異変が起きていた。ツボからは邪悪な気配がただよい、やがて大きな影となっていく。徐々に姿をあらわす影の正体。それは、フーパ本来のときはなたれしすがた(超フーパ)だった! なんと、かつて街で大暴れしたポケモンの正体は超フーパ。ツボに封印された強大な力が長い時を経て”怒り”へと変化し、ついには黒い影をまとった超フーパとして蘇ってしまった!