遠い遠い未来、不思議な街チャンポンシティで、マッドサイエンティストのフランケン博士は、この世の全ての音楽をノイズの結晶にしてしまう不思議な生命体ノイズマンを作り出した。チャンポンシティの少年トビオと少女レイナは、ノイズマンに命じられるまま、エアバイクを駆りノイズマンが嫌う”汚い音楽”を次々とノイズの結晶に変えていく。そんなトビオとレイナは、ある日偶然に”音楽の木”と出会い、その木に宿る”真実の実”をかじった。すると突然、チャンポンシティが歪み始め、どこからか心安らぐ”魂のメロディ”が聞こえてくる。自分たちがこれまでやってきたことは魂のメロディを汚す行為だったことに気付いたトビオたちは、ノイズの結晶を手にノイズマンのもとへ向かった。その時、すでに真実を手にしていた反乱分子市民が一斉反撃を始める。トビオたちはノイズマンが嫌う音楽の木の実を使って攻撃し、ノイズマンを倒した。ゴーストたちは音楽を奏で始め、こうしてトビオたちは自分たちの音楽を取り戻す。