少 女娼婦バロットはショーギャンブラーにしてオクトーバー社の汚れ仕事を引き受けるシェルの計画により命を落としかけるが、シェルの犯罪を捜査する委任事件 担当捜査官のイースターとウフコックに救出され、マルドゥック・スクランブル09法に基づく禁じられた科学技術の特別使用によって一命を取り留めた。そし てバロットはスクランブル09により高度な電子干渉(スナーク)能力を手に入れ、イースター、ウフコックと共にシェルの犯罪を追う。だがシェルも委任事件 担当捜査官ボイルドを雇いバロットを追い詰めようとしていた..。
第1作
第一部『マルドゥック・スクランブル 圧縮』(Mardock Scramble The First Compression)が、 2010年11月6日に劇場公開(PG12指定)。キャッチコピーは「それは、彼女の選択──」。また、ハードな描写と未公開シーンを加えた完全版が、 2011年8月6日に劇場公開(R18+指定)。
第2作
第二部『マルドゥック・スクランブル 燃焼』(Mardock Scramble The Second Combustion)が、 2011年9月3日に劇場公開。キャッチコピーは「それは、彼女の決断──」。
第3作
第三部『マルドゥック・スクランブル 排気』(Mardock Scramble The Third Exhaust)が、 2012年9月29日に劇場公開。キャッチコピーは「それは、彼女の戦い──」。