ゴッサムシティを守るために、ケープをまとい犯罪と戦うバットマンにとって、敵には事欠かなかった。ところが突然、新手が出現する。シュレッダーと悪の忍者軍団が次元を渡って、ゴッサムに襲来したのだ。彼らの目的は元の世界に戻るための科学技術である。もちろん、その過程でゴッサムは征服される…バットマンの宿敵たちの手を借りて。だが、まったく見たこともないヒーローが出現して、闇の騎士は共闘することになる。バットマンとミュータントタートルズ、そしてスプリンター先生が力を合わせるのだ。果たしてコウモリ、ネズミ、そしてカメたちは、両次元でも極めつけの悪党どもを倒すことができるのか?